El director (s) de Conaf, Vicente Rodríguez, explica que uno de los métodos de medición de avifauna es la utilización de estaciones de punto fijo en altura, las cuales permiten contabilizar las especies de mayor tamaño (e.g. cisne de cuello negro Cygnus melancoryphus, pato yeco Phalacrocorax brasilianus, taguas Fulica sp, entre otras).

La otra metodología es la de conteos desde una embarcación con tracks de navegación determinados. Este método permite determinar el número de individuos de las especies de menor tamaño y menor abundancia poblacional (e.g. pimpollo Rollandia rolland, picurio Podilymbus podiceps, garza cuca Ardea cocoi, garza grande Casmerodius albus, garza chica Egretta thula, águila pescadora Pandion haliaetus, entre otras), así como también contabilizar la presencia de aquellas especies de mayor abundancia pero que, por las condiciones geográficas del lugar dificultan el registro de las estaciones fijas.

Estos recorridos se realizan sistemáticamente en lancha, a una velocidad adecuada para no generar la movilidad de las aves hacia otras áreas del santuario.

Rodríguez explicó que la metodología para el caso de los cisnes se aplica desde 1982, pero con mejoras sustanciales desde 1987; mientras que para el resto de las aves ocurre desde 1999.

Dentro del santuario se encuentran 16 puntos de observación que son utilizados para realizar el censo de avifauna mensual, de los cuales 9 consideran miradores naturales y que se encuentran distribuidos de la siguiente manera: Isla Teja, Frutillar, Punucapa, San Pedro, San Ramón, Fundo Altue, Fundo Plaza de Armas, Locuche y Cuyinhue.