Joaquín Morales ingresó a la Escuela Militar en el año 1983 y se graduó con el grado de Alférez en el Arma de Infantería en enero de 1987. Posee la especialidad primaria de Oficial de Estado Mayor y la especialidad secundaria de Montaña.

Es licenciado en Ciencias Militares en la Academia de Guerra del Ejército, magíster en "Operaciones y Logística" de la Universidad Europea de Madrid IEDE y ha desarrollado diplomados en Evaluación y Administración de Proyectos en la Academia Politécnica Militar y en Doctrina Operacional en la Academia de Guerra del Ejército. Se ha estado en la Antártica y se ha desempeñado como comandante del Batallón de Aplicación de la Escuela de Infantería, comandante del Regimiento Reforzado Nº9 "Arauco", subdirector de la Escuela de Infantería, comandante del Regimiento Reforzado Nº17 "Los Ángeles" y en diciembre de 2018 fue ascendido al grado de General de Brigada y designado Comandante en Jefe de la III División de Montaña. Llegó a Valdivia el 14 de diciembre del año pasado.

"Entre 2009 y 2010 fui segundo comandante del Regimiento Arauco, en Osorno, por que conocía la zona. En ese sentido no fue tan complejo, porque después de tantos años uno está acostumbrado a los cambios, los ajustes familiares son los que tienen mayor impacto, pero estoy muy contento con la designación ", expresó. Morales tiene tres hijos, de 20, 18 y 11 años.